Los ambientes de agua dulce se pueden clasificar, de una forma global, en aguas corrientes (arroyos y ríos) y en aguas estancadas (lagos y lagunas).

Arroyos y Ríos

Entre los factores abióticos que conforman el biotopo de un río existe uno que condiciona a todos los demás: la luz, el oxigeno, el dióxido de carbono, las sales minerales y ciertas condiciones de presión y temperatura.

A su vez, la velocidad de sus aguas depende de la pendiente, del caudal y de la anchura del cauce. Por ello, a lo largo del curso de un mismo río se pueden encontrar zonas de rápidos y zonas de remansos. Por otra parte, la cantidad de oxígeno disuelto disminuye con la temperatura y con la profundidad, y aumenta con el movimiento del agua, ya que proviene sobre todo de los intercambios entre el río y la atmósfera.

Estos factores, la velocidad de la corriente, la temperatura y la cantidad de oxígeno, influyen decisivamente en la biocenosis que habita el río en sus distintos tramos.

· Tramo alto. Las fuertes pendientes de las altas montañas favorecen la formación de rápidos. El cauce está formado por rocas y no hay fangos ni sedimentos en el fondo. Por su agitación y turbulencia y por las bajas temperaturas, son las aguas con mayor contenido en oxígeno.

En el tramo alto de un río encontramos animales que son potentes nadadores (trucha) o bien tienen elementos de fijación. Los pequeños organismos fotosintétizadores, algas y musgos, se adhieren al lecho o a las superficies rocosas.

· Tramo medio. En este tramo aumenta el caudal por el aporte de agua de los afluentes, y, por idéntico motivo, la concentración de sales minerales es cada vez mayor. La velocidad disminuye, y son frecuentes los remansos donde se depositan sedimentos y se acumulan y descomponen materiales orgánicos. La biocenosis es cada vez más rica y variada.

· Tramo bajo. A medida que el río pierde pendiente y se hace más ancho, comparte muchas características de lagos y lagunas. Posee una gran cantidad de desechos orgánicos, la temperatura del agua es más elevada y hay una densa vegetación en sus orillas.

Lagos y Lagunas

Estos términos engloban desde charcas y pequeñas lagunas a extensas lagos que cubren miles de kilómetros.

En los lagos, al igual que en el mar, la luz esta presente sólo en la parte superior, que es la zona más rica en oxígeno, tanto por la actuación de los organismos fotosintéticos como por el intercambio con la atmósfera. Los peces y moluscos tienen branquias, y algunos insectos, como el escarabajo buceador, forman burbujas de aire que van consumiendo mientras dura la inmersión.

Hasta hace poco tiempo, las lagunas, y en general todas las zonas húmedas, eran consideradas lugares improductivos e insalubres. En todos los países se hicieron esfuerzos encaminados a su desecación. Actualmente, sin embargo, se les reconoce su importancia debido a que: son ecosistemas con gran producción de biomasa; albergan gran cantidad de especies vegetales y animales, muchas de ellas en peligro de extinción; son especialmente ricas en aves acuáticas; poseen un alto valor cientifico y educativo; desempeñan un importante papel en la regulación de las avenidas de los ríos.